vanclik 'Bridge editing' could be even better at altering DNA than CRISPR   La « édition de pont » pourrait être encore meilleure pour modifier l'ADN que CRISPR
wanclik The CRISPR gene-editing technique has revolutionised biology, but now an even more powerful system called bridge editing could let us completely reshape genomes   La technique d'édition génétique CRISPR a révolutionné la biologie, mais désormais un système encore plus puissant appelé édition pont pourrait nous permettre de remodeler complètement les génomes
dna By Michael Le Page   Par Michael Le Page
wanc 26 June 2024   26-juin-24
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wanik Bridge editing physically links two strands of DNA   L'édition de pont relie physiquement deux brins d'ADN
wanc Visual Science   Sciences visuelles
graf A powerful form of DNA-editing machinery discovered in bacteria might allow us to make much bigger changes to genomes than is currently possible with CRISPR-based techniques. However, it isn’t yet clear whether it will work in human cells.   Une forme puissante de machinerie d’édition d’ADN découverte chez les bactéries pourrait nous permettre d’apporter des modifications aux génomes bien plus importantes que ce qui est actuellement possible avec les techniques basées sur CRISPR. Cependant, on ne sait pas encore si cela fonctionnera dans les cellules humaines.
gian gastone Patrick Hsu at the Arc Institute in California calls the new genome editor the “bridge editing” system because it physically links, or bridges, two pieces of DNA. It can be used to alter huge sections of a genome, says Hsu, whose team worked out how sequences of “parasitic” DNA in bacteria naturally use the system to replicate, and how it might be adapted for genome editing.   Patrick Hsu de l'Arc Institute en Californie appelle le nouvel éditeur du génome le système « d'édition de pont », car il relie physiquement, ou relie, deux morceaux d'ADN. Il peut être utilisé pour modifier d’énormes sections d’un génome, explique Hsu, dont l’équipe a étudié comment les séquences d’ADN « parasite » des bactéries utilisent naturellement le système pour se répliquer, et comment il pourrait être adapté pour l’édition du génome.
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chinois “We’re excited about the potential to do much broader genomic changes beyond what we can currently do with CRISPR,” he says. “We think this is an important step towards the broader vision of genome design.”   « Nous sommes enthousiasmés par la possibilité de réaliser des changements génomiques beaucoup plus vastes que ce que nous pouvons actuellement faire avec CRISPR », dit-il. « Nous pensons qu’il s’agit d’une étape importante vers une vision plus large de la conception du génome. »
luigi.wanclik CRISPR gene editing has revolutionised biology since it was unveiled in 2012. It is being used for many different purposes, and the first CRISPR-based treatments were approved last year. However, the basic form of CRISPR, which uses the Cas9 protein, is more of a gene destroyer than a gene editor.   L'édition génétique CRISPR a révolutionné la biologie depuis son lancement en 2012. Elle est utilisée à de nombreuses fins différentes et les premiers traitements basés sur CRISPR ont été approuvés l'année dernière. Cependant, la forme de base de CRISPR, qui utilise la protéine Cas9, est davantage un destructeur de gènes qu’un éditeur de gènes.
nindex There are two parts to the standard CRISPR Cas9 protein. One part links up with a guide RNA molecule and seeks out any DNA that matches a certain section of the guide RNA. Because it is easy to make custom guide RNAs, this means that CRISPR Cas9 can be “programmed” to seek out any part of the genome.   La protéine CRISPR Cas9 standard comporte deux parties. Une partie se connecte à une molécule d’ARN guide et recherche tout ADN correspondant à une certaine section de l’ARN guide. Parce qu’il est facile de créer des ARN guides personnalisés, cela signifie que CRISPR Cas9 peut être « programmé » pour rechercher n’importe quelle partie du génome.
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luigi The second part of CRISPR Cas9 is a cutter that severs DNA once the Cas9 has bound to its target site. The cell repairs the damage and the Cas9 cuts it again, and this keeps happening until mistakes are made during the repairs, mutating the target site in a directed way.   La deuxième partie de CRISPR Cas9 est un outil de découpe qui coupe l'ADN une fois que le Cas9 s'est lié à son site cible. La cellule répare les dégâts et le Cas9 les coupe à nouveau, et cela continue jusqu'à ce que des erreurs soient commises lors des réparations, mutant le site cible de manière dirigée.
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delacour While being able to mutate specific sites is useful, biologists would prefer to make more precise changes, so they have been modifying CRISPR proteins to edit DNA directly instead of relying on cell repair mechanisms. Base editors, for instance, can change a single DNA letter to another without cutting the DNA. Prime editors, meanwhile, can turn an extra section of guide RNA into DNA and add it to the target site.   Bien qu'il soit utile de pouvoir muter des sites spécifiques, les biologistes préféreraient apporter des modifications plus précises. Ils ont donc modifié les protéines CRISPR pour modifier directement l'ADN au lieu de s'appuyer sur des mécanismes de réparation cellulaire. Les éditeurs de base, par exemple, peuvent changer une seule lettre ADN en une autre sans couper l'ADN. Les éditeurs principaux, quant à eux, peuvent transformer une section supplémentaire d'ARN guide en ADN et l'ajouter au site cible.
clausell These modified forms of CRISPR could help treat a huge range of conditions and several human trials are already under way, but tackling some diseases requires more advanced genome alterations. Lots of teams around the world are working on ways of doing this. Some realised that the mechanism used by genetic parasites called IS110 elements to cut and paste themselves from one part of a genome to another had potential, because it is RNA-guided like CRISPR, but Hsu’s team is the first to get the complete picture of how it works.   Ces formes modifiées de CRISPR pourraient aider à traiter un large éventail de pathologies et plusieurs essais sur l’homme sont déjà en cours, mais la lutte contre certaines maladies nécessite des altérations plus avancées du génome. De nombreuses équipes à travers le monde travaillent sur les moyens d’y parvenir. Certains ont réalisé que le mécanisme utilisé par les parasites génétiques appelés éléments IS110 pour se couper et se coller d'une partie d'un génome à une autre avait du potentiel, car il est guidé par l'ARN comme CRISPR, mais l'équipe de Hsu est la première à avoir une idée complète de la façon dont Ça marche.
g7-italia The bridge-editing system consists of a so-called recombinase protein that hooks up with a guide RNA, like the CRISPR Cas9 protein. What makes it unique is that the guide RNA specifies two DNA sequences to seek out, not just one, Hsu’s team discovered.   Le système d’édition de pont consiste en une protéine dite recombinase qui se connecte à un ARN guide, comme la protéine CRISPR Cas9. Ce qui le rend unique, c’est que l’ARN guide spécifie deux séquences d’ADN à rechercher, et non une seule, a découvert l’équipe de Hsu.
leibniz One sequence specifies the target site in the genome to be altered, just as in CRISPR, while the other specifies the DNA to be altered. This system can be used to add, delete or reverse DNA sequences of virtually any length.   Une séquence spécifie le site cible du génome à modifier, tout comme dans CRISPR, tandis que l'autre spécifie l'ADN à modifier. Ce système peut être utilisé pour ajouter, supprimer ou inverser des séquences d’ADN de pratiquement n’importe quelle longueur.
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  There are already ways of doing this, but they typically involve multiple steps and leave extra bits of DNA, called scars, behind. “Bridge editing is effectively scarless,” says Hsu. “It offers an unprecedented level of control for manipulating genomes.”   Il existe déjà des moyens de procéder, mais ils impliquent généralement plusieurs étapes et laissent derrière eux des morceaux d’ADN supplémentaires, appelés cicatrices. «Le montage en pont est effectivement sans cicatrice», explique Hsu. "Il offre un niveau de contrôle sans précédent pour manipuler les génomes."
  This means it could be used to do far more than simply replace faulty genes, he says. It could also help us completely reshape the genomes of plants and animals. “What we’d like to do is to move beyond inserting individual genes to do chromosome-scale genome engineering,” says Hsu.   Cela signifie qu’il pourrait être utilisé pour faire bien plus que simplement remplacer des gènes défectueux, dit-il. Cela pourrait également nous aider à remodeler complètement les génomes des plantes et des animaux. "Ce que nous aimerions faire, c'est aller au-delà de l'insertion de gènes individuels pour réaliser une ingénierie du génome à l'échelle des chromosomes", explique Hsu.
  “The discoveries reported are indeed exciting, and the underlying biology is truly remarkable,” says Stephen Tang at Columbia University in New York, but so far bridge editing has only been shown to work in bacterial cells or in test tubes. It remains to be seen whether and how well it will work in complex cells like those of humans, says Tang. But even if bridge editing fails to work in initial tests in human cells, it’s likely that in time the system can be modified so it does work   Les découvertes rapportées sont en effet passionnantes et la biologie sous-jacente est vraiment remarquable, déclare Stephen Tang de l'Université Columbia à New York, mais jusqu'à présent, il a été démontré que l'édition pont ne fonctionnait que dans des cellules bactériennes ou dans des tubes à essai. Il reste à voir si et dans quelle mesure cela fonctionnera dans des cellules complexes comme celles des humains, explique Tang. Mais même si l’édition pont ne fonctionne pas lors des premiers tests sur des cellules humaines, il est probable qu’avec le temps, le système pourra être modifié pour qu’il fonctionne.
   
   
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